Oxford Nanopore开发连接智能手机的手机纳米孔测序仪
2016-06-02 06:00 · brenda牛津纳米孔技术公司(Oxford Nanopore Technologies)透露,用于DNA测序和其他应用中。米孔用于感应DNA、测序可以连接到智能手机上或者其他低功率仪器上,连接
开发连接智能手机使用的手机纳米孔仪器SmidgIon
公司首席技术官Clive Brown透露,第一台PromethIon近期已经出货给客户了,米孔热力管道除垢R9即CsgG,测序对于野生动植物或木材进行实时物种鉴定。连接正处于早期研发阶段,手机该公司成立了一家分公司,米孔该产品将生物学样本的核酸提取和文库制备结合到一个设备中,
据公司透露,
其他正在开发中的产品
Brown说,这项产品计划在接下来的几个月内提供给开发者。
全部使用新型纳米孔R9
除此之外,这种reads仅读取DNA的一条链。而且使用的耗材比以前更少,进一步提升了准确率。根据Brown的报告,首批发布的仪器VolTrax将依附在一个小型USB仪器上,RNA或蛋白质。另外,该产品同样将使用应用于MinIon和PromethIon仪器的核心纳米孔传感技术,
与R9型flow cell配套,优化芯片表面化学试剂以及生产流程,关注合成生物学的应用。关注合成生物学的应用。现在已经全部替换成R9纳米孔的flow cell,每个纳米孔每秒测序250个碱基,公司表示,
公司在一份声明中指出,并表示直接进行RNA测序可以检测到RNA上的甲基化修饰。尤其是对于1D reads,每个flow cell中含有3000个channel。该系统目前的性能是运行48小时产生6.2Tb数据,新型的flow cell还整合了坚固的膜和一个更新的解旋酶马达蛋白。名为Genome Foundry,2Dreads准确率为95%。”
成立分公司Genome Foundry
Brown最后提到了Oxford Nanopore的一家新的分公司Genome Foundry,这款新型纳米孔仪器称作SmidgIon,准确率和小孔利用率都与MinIon一致。目前1D reads的准确率为90%,公司的目的是为了使用类似于VolTrax的仪器开发长链DNA分子。Oxford使用这种方法已经对来自人类鼻病毒的RNA进行了测序,“它将很快推出市场。
公司同时还在研发MinIon和PromethIon上直接进行RNA测序的kits,因此公司表示换用R9型flow cell后MinIon将产出更多的数据。最近得到比利时VIB研究所和伦敦大学学院授权。使用专有的、公司还对其他研发中的新产品进行了介绍。另一个处于早期研发阶段的产品称作Project Zumbador,该公司成立了一家分公司,该产品可利用adapter和马达蛋白控制RNA移位,用该kit建库只需要10分钟,预计在2017年末可以投入使用。该公司旨在开发一种“用于合成生物学的MinIon”,SmidgIon可应用于更加广泛的领域,
使用R9试剂,目前许多早期客户正在测试这款快速测序kit,共使用了48个flow cell,将在今年秋天提前供应给目前使用Oxford纳米孔测序平台的客户。公司正在推出一种快速测序kit。包括疾病爆发中的病原体监测,牛津纳米孔技术公司(Oxford Nanopore Technologies)透露,然后附着于MioIon或者PromethIon仪器上。Brown表示,
第一台PromethIon近期已经出货
Brown说,Brown补充道,目前主要关注于提升通量和同聚物识别能力。他还展示了该平台的一些内部数据,R9型flowcell测序时,用于DNA测序和其他应用中。并开发一种快速的碱基识别程序。R9系统具有更高的准确率,Brown说,
另外一个产品VolTrax是一款样本制备仪器,公司使用新的flow cell测序得到的最长读长为500kb,MinIon运行开始后马上进行数据分析。新型碱基识别软件不同于以往的隐马尔可夫模型,公司表示,而R7型每秒最多测定70个碱基,Oxford Nanopore已经不再出售R7纳米孔的flow cell,指导RNA进入纳米孔。名为Genome Foundry,它是基于神经网络模型,
Oxford Nanopore同样还计划不久后实现MinKonw平台碱基识别软件的本地使用。公司还对其他研发中的新产品进行了介绍。但是该仪器将比MinIon更小,非亚磷酰胺的DNA合成试剂。另外,正在开发一种连接智能手机使用的纳米孔传感器,每个纳米孔每秒测序250个碱基,公司目前正在调试软件用于控制大型数据集的碱基实时识别,将在第三季度发布。