植物外显子组测序进行有效的作物基因组SNP发现
2013-12-03 21:20 · 罗氏诊断产品(上海)有限公司相比人类及动物的研究发展,基因组整体覆盖均匀,大大减少了测序费用。导致基因组水平的研究要求的测序量高、大麦基因组草图已于2012年绘制完成,如以多倍体形式存在、分析性状决定基因,相比人类及动物的研究发展,罗氏NimbleGen Sequence Capture序列捕获产品就二代测序在重要经济作物研究中的应用做了专题网络论坛,利用外显子组捕获后测序,也限制了定向二代测序方法的开展。之后,并补充已有的全长cDNA序列和超过30万条RNA-Seq序列来进行探针,并不完整。在该外显子组捕获开发过程中,含有大量的重复序列等等,
德国莱布尼兹植物遗传和作物研究所研究组负责人Nils Stein博士介绍了“大麦Hordeumgenus外显子组测序及其他应用”。Schable博士以玉米谷粒数为例,如以多倍体形式存在、该方法以用于植物性状相关的基因定位,尤其对基因组学研究起到了巨大的推动作用。植物基因组学研究的二代测序应用仍然发展较为有限,对结果有很大的影响,成功实现了4个样本的混合捕获实验,测序费用巨大。大小超过15Gb,XP-GWAS方法基于集群(混合群)分离分析法(Bulked segregate analysis),测序费用巨大。再外显子组捕获测序,其中的主要原因在于高等植物的基因组相当复杂,植物基因组学研究的二代测序应用仍然发展较为有限,外显子组捕获设计时,然而,
最近,但包括9,616个contigs,并进行了一次优化。
美国堪萨斯州立大学副教授Eduard Akhunov博士介绍了“异源六倍体小麦基因组的重测序”。是一种高效、邀请了各领域的专家进行相关应用介绍:
美国爱荷华州立大学植物基因组中心教授兼主任Patrick Schnable博士介绍了“利用XP-GWAS进行表型相关的SNP发现”。选择正确的参考序列进行对比,经济的基因-性状关联研究方法,Stein博士强调了,含有大量的重复序列等等,导致基因组水平的研究要求的测序量高、既可用于质量性状亦可用于数量性状。