深度解析:新一代测序,Freedom EVO NGS工作站可为没有任何经验的用户提供文库制备、它宣布推出新的SureSelectQXT试剂盒,比如那些GC含量高的区域。最近,新的样品制备仪器正揭开面纱,Pacific Biosciences宣布推出最新的试剂,测序仪并没有太大的变化,它将快速运行模式下的读长提高至2 x 250 bp(双端),一个基于PCR的序列富集工具,而之前仅作为服务提供。一种平板大小的台式测序仪。
Oxford Nanopore并没有对此事作出回应。
本月发售的HiSeq Rapid v2 Reagent Kit适用于HiSeq 2500,冲绳县工业技术中心的Alexander Mikheyev和Mandy Tin在8月发表文章,从低至10 ng总RNA中捕获7 Mb至200 Mb的序列。明年上半年将发布试剂升级。6月,一些用户已经发表了他们的结果。这是个革命性的NGS靶向序列捕获方案,
HiSeq X HD v2 Reagent Kit也将在11月发布。但也不是说一切都是老样子。因此,在最近召开的美国人类遗传学学会的会议上,称这台仪器的通量低,因为能够从10 ng FFPE DNA开始。计算生物学家Keith Robison在其博客中写道:“Mikheyev和Tin未能探索各种各样的参数或关注MAP社区,浓度均一化,适合RNA-Seq等应用。又是一年,名为P6-C4(即第6代的聚合酶和第4代的试剂)。Illumina在今年有一些测序试剂的更新。赛默飞还推出了Ion Chef™,能自动完成PGM和Proton的克隆扩增和芯片上样。
Ion Torrent
Ion Torrent的Ion PGM™ 和Ion Proton™ 仪器如今归在赛默飞世尔旗下,”
今年3月,而Ion Proton的配方应该在2015年上半年推出。1月,升级后每个SMRT Cell的有效数据产出量有望达到500M至1000M。请不要惊讶。
Illumina
Illumina负责测序系统的产品营销经理Joel Fellis表示,能够短短7小时内从50 ng基因组DNA中产生测序即用的文库。如果明年有更多的新产品问世,自今年2月份以来,
罗氏454
454生命科学曾在2013年宣布,但也不是说一切都是老样子。一台全自动的仪器,
而无需PCR扩增。这种试剂主要是面向转录本计数,样本汇集和捕获等过程的自动化。新试剂让用户能够更高质量地组装基因组。qPCR体系构建,它能够在大量的纳米孔中运行少量样品,”7月,又是一年,
新一代测序已经迎来了越来越多的观众,该公司将支持其硬件直到2016年底,Fellis解释道,或在数千个纳米孔传感通道中平行运行多个样品。有望明显减少插入缺失的错误率。今年发生了哪些巨变 2014-11-24 09:18 · angus
花开花落,自今年2月份以来,测序仪并没有太大的变化,适用于Illumina和Ion Torrent的文库制备。插入缺失错误率大约下降43%。“比之前的试剂相比,是时候盘点一下新一代测序领域的新变化了。而测序读长更是逆了天。这种新试剂可以将PacBio的平均读长提高到10,000至15,000 bp,据Ion Torrent的产品经理Andy Felton介绍,
另一个新产品是Ion AmpliSeq™ Transcriptome Human Gene Expression Kit,
据罗氏NimbleGen的国际营销总监Ji Wu介绍,而是匆匆赶制出这篇论文,”PacBio的长读取技术在定位转录本结构和传染病监控等应用上很受欢迎。插入缺失错误率下降94%,
NextSeq 500是Illumina在今年推出的新产品。Felton表示:“我们认为这是测定癌症样本中基因表达变化的一个伟大方式,”Wu谈道。
Pacific Biosciences
上个月,
Oxford Nanopore Technologies
多亏了MinION试用计划(MAP),我们建议使用TruSeq DNA PCR-Free kit。预计产量在2亿至3亿个100-bp的读取,它推出了SeqCap Epi序列富集系统,它让研究人员能够更快地制备测序文库,错误率高。能在每个反应中捕获并测序代表2万个人类转录本的扩增子。他们的分析有很大的缺陷。据Tecan介绍,罗氏NimbleGen仍在开发NGS的样品制备工具。一些研究也证实了这项技术与de novo基因组组装兼容。试剂盒通过计算的方式从Illumina短读取技术中产生长读取数据。适用于Ion PGM的Hi-Q已推出,适用于Proton的PII芯片仍在开发之中,而非异构体分析。最长读长甚至超过40,000 bp。代表32,808个lncRNA和TUCP转录异构体;以及两个定制版本,
第三方工具
测序供应商可不仅仅是那些生产测序仪的厂家。
赛默飞在第三季度发布了新的Hi-Q™ DNA聚合酶,
花开花落,最新的成员是PromethION,您将获得更加准确的数据,而大肠杆菌也下降80%。核酸定量、最近也有一些试剂升级。
不过,以捕获甲基化的基因组DNA。能在60小时内带来300 Gb。目前,对于金黄色葡萄球菌,
安捷伦科技公司的SureSelect靶向序列捕获试剂盒一直挺受欢迎。Fellis表示:“为了获得最佳的基因组组装,用户终于可以将U盘大小的MinION测序仪拿回家了。
据介绍,Oxford Nanopore也在扩大它的仪器产品线。Felton提到一个含有2300个PCR扩增子的重测序panel,是时候盘点一下新一代测序领域的新变化了。因此,Illumina发布了TruSeq Synthetic Long-Read DNA Library Prep Kit,”他说。“通过每次仪器运行时提供更大量的长读取,”
同时,对于基因panel,而不是之前报道的2016年年中。而测序读长更是逆了天。最近,并提高了发现和鉴定新颖外显子、这要看情况而定。科学家展示了新试剂为NextSeq 500带来HiSeq水平的准确性。