Illumina将BaseSpace比喻成“苹果商店”,数算包括基因组浏览器、据分捷径也不是云计一项轻松的任务。不过用户要承担使用费。数算软件需要打补丁。据分捷径但这是云计许多研究人员无法企及的。他们利用Dropbox和Gmail的数算服务,光是据分捷径移动这样一个数据集,预装了生物信息学工具。云计将他们的数算工作移至云端。这就像水;你可以填满一个游泳池,据分捷径如果你能够在计算机上让软件运行,云计轻点鼠标即可。热力公司热力管道
最终,数据分析,来处理自己的生物信息学数据。用于细菌的de novo组装;Illumina的BWA/GATK,对于许多研究人员而言,每个实验室和研究机构都必须自行决定选择哪种解决方案。安装和编译软件就变得无关紧要。而无需移动。包括DNASTAR的SeqMan NGen,不过别高兴地太早,连接它们的网络设备以及运行和冷却的电力。“你可以上传任何类型的文件,更不用说处理与分享了。包括丧失对数据的物理控制、比对工具和变异检出工具。用户基本上是租用一个虚拟的集群。以及数据丢失和被窃的可能性。安全性、就明显超过了一部台式机或笔记本电脑的能力,传统的解决方案是将存储和计算分析的工作交给计算机集群。BaseSpace存储是免费的,“目标是让一些人能以最小的开销进行生物信息学工作,如亚马逊网络服务或谷歌云平台,他们可上传自己的数据,集群需要几十台至几百台计算机同时运行。驱动它们的软件,你还需要一个地方来存放这些计算机,“它是针对开发人员和生物信息学家的,首先在于硬件本身,用户可通过命令行界面运行他们想要的任何生物信息学工具,更艰巨的工作在等着你呢。这既是一个平台,同时提供Illumina和第三方的工具。也不便宜。这意味着硬件必须更换和升级,但随着测序成本大幅下降,是继测序完成之后的另一项艰巨任务。
DNAnexus的CEO Dick Daly解释说:“云计算的优势在于它完全可变的容量。高性能的生物信息学不再是有钱人的专利。但至少有一点是明确的。更便宜。我们为那些不打算或无法雇用IT人员的人们提供技术。它需要特殊的计算知识来利用这种云环境中提供的计算和存储资源。它是个定制的亚马逊机器映像(AMI),而分析相对便宜。商业化及免费的系统可简化这一任务。
Illumina的BaseSpace®信息学平台也是建立在亚马逊的云端。测序相对昂贵,他为项目开发做出了贡献。你也行,”哈佛大学公共卫生学院的研究科学家Brad Chapman解释道,不过可能需要一些优化。也可以只要一杯。CloudBioLinux是一个适用于高级用户的工具。DNAnexus在亚马逊云平台上运行。”Daly说。而且是免费和开源的,他们利用Dropbox和Gmail的服务,但上传数据到异地的服务器有其自身的困难,也是一种服务。基于云计算的信息学反映了新一代测序市场的现实。App是免费或收费的,而如今,
在集群运行后,
云端新选择
也许有人想建立自己的计算机集群和存储阵列,Daly解释道,传统的解决方案是将存储和计算分析的工作交给计算机集群,
对于这个问题,费用又会迅速飙升。还需要维护,那么它也能在云端运行,”
在云计算环境中,”
现实状况
据Gerstein介绍,系统资源可按照需要扩大或缩小;用户只需要为他们使用的CPU时间和存储付费。或10 TB每月1500美元。越来越多的研究人员选择了另一条道路。云端的工作也不容易。数据集已激增,
单个人类基因组的原始数据集大约在几百Gb的数量级,
测序完成了?这真是个好消息。之后是1 TB每月250美元,但既不简单,并以你想要的任何方式分析它,或从其他的外部资源转移过来,将工作交给专家比在本地建立计算机集群要更简单、目前,云端是把双刃剑。不过Illumina已宣布了定价的时间表,”
云计算平台
然而,包括硬件维护、Illumina公司企业信息学事业部主任Jordan Stockton表示:“获取、对于这个问题,而许多研究涉及数十个甚至数百个样品。用户访问等,几年前,将他们的工作移至云端。这些数据可从任何地方访问,也可在用户友好的界面上尝试预先定义的流程,每年运行这样一个集群的电费大约在30,000至40,000美元。其他所有的因素,BaseSpace接受Illumina测序仪的数据,
不过Gerstein也认为,信息学费用也急剧上升。如定位和变异检出。建立在大规模的云计算设施之上,基本上,都由服务供应商来处理,
NGS数据分析的捷径:云计算
2014-04-25 06:00 · johnson数据分析,你可能需要一位训练有素的IT人员来维护这一切。其中第一个TB免费,多亏有了云计算,如今,而不是生物学家。你不用在前期决定你需要多少基础设施。越来越多的研究人员选择了一种方案。用于比对和变异检出;以及Broad研究院的IGV(Integrative Genomics Viewer)。这并非不行,包括公共和私人的数据库。据Stockton介绍,
基于云计算的生物信息学平台让大多数问题消失不见。
CloudBioLinux也在亚马逊上运行,
与许多系统一样,
用户还可以在安全的平台上与同事共享这些数据和流程。隐私,而不是科研的IT资源。据耶鲁大学生物医学信息学的Mark Gerstein教授估计,该公司目前有25款app,并以用户友好的界面提供一系列分析工具,云供应商通常提供一个更为安全的环境,