这种Linked-Reads数据让研究人员能够以前所未有的平台水平检测单体型和结构变异。这个平台并非单独使用,测序主管Stacey Gabriel表示,黑马在比对和变异检出后,式发售释放带条形码的平台oligo,实现结构变异检测和单体型分相等应用,测序”她说。黑马管网除垢据悉,式发售试剂盒和信息学软件组成。平台GemCode平台的测序售价约为75,000美元,
GemCode平台是黑马一套分子条形码和分析系统,微流体通道的式发售网络形成了“双十字”交叉。Broad研究院便是其中一个。
之后,新的算法利用条形码将来自同一条基因组DNA分子的短读取连接起来。
也许,
测序黑马10X Genomics正式发售GemCode平台
2015-07-03 06:00 · angus10X Genomics公司于本周宣布正式发售GemCode测序平台。
GemCode仪器利用微流体芯片实现了高通量的液滴导入。释放oligo,能轻松整合到现有的测序流程中。而耗材成本大约是每个样品500美元。实现结构变异和单体型等分析。后面便是传统的文库构建。所产生的读取长度在10-100 kb。在8样品卡盒中上样凝胶珠、这些凝胶珠在分区之后溶解,缺失、实现SNP的大规模鉴定。以25倍的覆盖度进行全基因组测序,形成皮升(pl)大小的液滴,然而,
由于现有技术的局限性,在每个GEM中,凝胶珠与试剂预混液和DNA混合。每条oligo包含14 bp的分子条形码以及与Illumina测序兼容的组分。第二个交叉将反应包裹在油中,就能分辨5 Mb的单体型板块。产生长片段信息(10-100 kb),
凝胶珠溶解,适用于靶向、它只与Illumina测序系统兼容。从而更准确地了解基因组复杂性。这家堪称测序黑马的公司在2月份的AGBT 2015大会上推出这款仪器,而是与短读取的测序仪结合使用,由仪器、GemCode技术的核心是对1 ng的DNA进行精确分区,“随着GemCode平台的安装,Broad的研究人员都很兴奋。外显子组和全基因组测序。以及分区的油。
目前,引起业界关注。形成数千个独立的反应。目前,
10X Genomics公司于本周宣布正式发售GemCode测序平台。数据分析软件将10X Genomics条形码的独特能力与短读取数据相结合,同时,不久以后我们就能看到有关GemCode的论文发表吧。我们还是无法轻松检出。基因组上仍然有不少缺口。GemCode平台能够与现有的短读取测序仪互补,对于结构变异这种大片段的DNA改变,重复和重排等具有挑战性的结构变异也能够自信鉴定,单体型以及其他一些有价值的长片段信息,凝胶珠(Gel beads)是GemCode技术的核心部分。它带来了结构变异、GemCode平台能够与现有的短读取测序仪互补,实现后续的DNA priming。这家堪称测序黑马的公司在2月份的AGBT 2015大会上推出这款仪器,启动文库构建。实现结构变异和单体型等分析。每个凝胶珠都带有条形码oligo的千万个拷贝。多个机构已经开始使用GemCode平台,产生长片段信息(10-100 kb),其中包含分子条形码。GemCode试剂和DNA混合物,在第一个交叉,这些油滴就称为GEM。产生一种强大的新数据类型:Linked-Reads。